Вышэйшым органам АПБ з’яўляецца З’езд, які склікаецца адзін раз у кожны календарны год.
З’езд:

• зацвярджае Стратэгію развіцця на наступны перыяд і асноўныя напрамкі дзейнасці АПБ на год; разглядае і зацвярджае змены і дапаўненні ў Статут АПБ;
• абірае Старшыню, сябраў Центральнага савета (ЦС) і Рэвізійнай камісіі (РК) тэрмінам на тры гады;
• заслухоўвае і зацвярджае справаздачу ЦС, фінансавую справаздачу за год Дырэктара, справаздачу РК, прымае па іх рашэнні;
• зацвярджае ці адмяняе (пры неабходнасці) рашэнні ЦС.

 У перыяд паміж з’ездамі працай АПБ кіруе Цэнтральны савет АПБ. Старшынёй ЦС і адначасова вышэйшай службовай асобай АПБ з’яўляецца Старшыня АПБ.

Да кампетэнцыі Цэнтральнага савета належыць:

• выпрацоўка асноўных напрамкаў дзейнасці АПБ;
• разгляд і зацвярджэнне гадавой тэхнічнай справаздачы Дырэктара, бюджэту, гадавога балансу і гадавой фінансавай справаздачы Дырэктара;
• унясенне ў Статут змяненняў і дапаўненняў у сувязі са змяненнем юрыдычнага адраса або са змяненнем заканадаўства;
• стварэнне і ліквідацыя мясцовых аддзяленняў, як з правамі юрыдычнай асобы, так і без іх, стварэнне і ліквідацыя рабочых групаў, клубаў сябраў АПБ;
• скліканне і арганізацыя правядзення З’ездаў АПБ;
• зацвярджэнне катэгорый сябраў, памераў, парадку і тэрмінаў выплаты  узносаў, зацвярджэнне ўзораў сімволікі;
• прыняцце любых іншых рашэнняў, якія не адносяцца да кампетэнцыі З’езда.

Кантрольным органам АПБ з’яўляецца Рэвізійная камісія, якая абіраецца З’ездам тэрмінам на тры гады і рыхтуе справаздачы толькі для З’езда.
Рэвізійная камісія АПБ:

• ажыццяўляе кантроль за фінансава-гаспадарчай дзейнасцю АПБ, яе арганізацыйных структур АПБ і камерцыйных арганізацый, таксама і з долевым удзелам;
• разглядае гадавыя справаздачы ЦС, бюджэт, баланс, уносіць свае папраўкі і заўвагі; ажыццяўляе кантроль за вядзеннем дакументацыі ў АПБ;
• мае права патрабаваць ад кіраўнікоў, сябраў, супрацоўнікаў АПБ любыя дакументы, якія маюць адносіны да фінансавай дзейнасці АПБ.

Выканаўчым органам АПБ з’яўляецца Сакратарыят, працай якога і арганізацыі ўвогуле кіруе Дырэктар АПБ.

Рабочыя групы, мясцовыя аддзяленні, Клуб “Рэдкая птушка”, Клуб “Крылаты дазор”, Клуб200 – арганізацыйныя структуры АПБ.