Буйнейшы ў Беларусі комплекс верхавых і пераходных балот са шматлікімі азёрамі, якія прыдаюць разнастайнасць аднатоннаму ландшафту. Па ўсім балоце раскіданы невялікія астравы, пакрытыя мелкаліставымі і яловымі лясамі. Большая частка балотнага масіву зарасла невысокай хвояй, але сустракаюцца і даволі значныя адкрытыя ўчасткі са шматлікімі дробнымі азёрамі і вокнамі чыстай вады. Расліннасць на балотнай частцы заказніка характэрная для верхавых балот і прадстаўлена хваёва-хмызнякова-сфагнавымі і хмызнякова-сфагнавымі супольнасцямі.
Балота Ельня размешчана на водападзеле рачных басейнаў. Цэнтральная яго частка ўзвышаецца над перыферыйнымі ўчасткамі на 7 метраў. Глыбіня тарфяной залежы ў сярэднім складае 3,8, а месцамі дасягае 8,3 метра. З балотнага масіву выцякаюць тры ракі, а ў яго не ўпадае ніводнай. На тэрыторыі балота налічваецца больш за 100 азёр, якія ўяўляюць сабой рэшткі існаваўшага некалі аднаго вялікага возера. Большасць з іх злучана паміж сабой рэкамі і пратокамі. Аснову воднага сілкавання балота складаюць грунтовыя воды і ападкі.
У выніку меліярацыі прылягаючых тэрыторый і часткі балота адбыліся істотныя змены гідралагічных умоў комплексу. Пракладка шматлікіх каналаў і выраўноўванне рэк прывялі да зніжэння ўзроўню грунтовых вод, што стала адной з асноўных прычын практычна штогадовых буйных пажараў на балоце.
У сувязі з цяжкай даступнасцю і спецыфікай ландшафтаў (каля 60% лесу расце на балоце, а самі лясы характарызуюцца нізкай прадукцыйнасцю) тэрыторыя выкарыстоўваецца чалавекам абмежавана. Лесаэксплуатацыйныя работы вядуцца ў асноўным па перыферыі балотнага масіву і на мінеральных астравах, сельскагаспадарчая дзейнасць адсутнічае. Тэрыторыя выкарыстоўваецца як для прамысловых нарыхтовак, так і для аматарскага збору грыбоў і ягад. На азёрах мясцовае насельніцтва ловіць рыбу.
На тэрыторыі заказніка сустракаецца 98 відаў птушак, 23 з якіх занесены ў Чырвоную кнігу Беларусі. Характэрная рыса балотнага масіву Ельня – наяўнасць разрэджаных калоній кулікоў на балоце і шматлікіх калоній чайкавых на азёрах. Ельня – месца гнездавання птушак, тыповых для комплексаў верхавых балот: чорнаваллёвага гагача Gavia arctica, пардвы Lagopus lagopus, залацістай сеўкі Pluvialis apricaria, сярэдняга кулёна Numenius phaeopus, стучка Lymnocryptes minimus і куліка-селянца Tringa nebularia. Рэдкія для Беларусі ўвогуле, яны сустракаюцца тут у значнай колькасці. Акрамя іх на балоце гняздуюцца сокал-дрымлюк Falco columbarius і арол-вужаед Circaetus gallicus. Колькасць найбольш рэдкіх і значных відаў птушак прыведзена ў табліцы.
| Від | Ацэнка колькасці, пар | Крытэрый ТВП |
| Шэры журавель / Серый журавль Grus grus |
60 | B2 |
| 2000-3000 асобін на міграцыі | А4i, B1i | |
| Болотная сова / Балотная сава Asio flammeus |
40-50 | B2 |
Балотны масіў Ельня мае вялікае значэнне як месца прыпынку мігрыруючых гусей, качак і жураўлёў на вясновых і восеньскіх пралётах. У гэты час на вадаёмах звычайныя і шматлікія гусі-гуменніцы Anser fabalis, белалобыя гусі Anser albifrons, качкі-свіцьвы Anas penelope, качкі-чыркі Anas querquedula; сустракаюцца таксама шэрая гусь Anser anser, гусь-піскулька Anser erythropus, качка-шылахвостка Anas acuta, савукі Mergus sp.
З раслін, якія растуць на тэрыторыі балота і на мінеральных астравах, 11 відаў уключаны ў Чырвоную кнігу. Сярод іх і рэдкія для Беларусі бяроза карлікавая Betula nana і марошка прысадзістая Rubus chamaemorus. Фауна наземных пазваночных уключае 7 відаў земнаводных, 5 відаў паўзуноў, 31 від млекакормячых (большасць з іх пражывае на перыферыйных участках балота ці наведвае яго ў пошуках корму). Адзначаецца высокая колькасць гадзюкі звычайнай Vipera berus.
Паніжэнне ўзроўню грунтовых вод у выніку пракладання каналаў сярод балота, выраўноўвання рэк і асушэння перыферыйных участкаў балота. Парушэнне гідрарэжыму прыводзіць да пачашчэння пажараў, змянення відавога саставу флоры, зарастання адкрытых участкаў балот хмызнякамі і лесам.
Выпальванне расліннасці і пажары. Пажары і паніжэнне ўзроўню грунтовых вод аказваюць істотны ўплыў на стан папуляцый птушак, якія тут гняздуюцца і спыняюцца падчас міграцый. У першую чаргу, у выніку пажараў змяншаецца плошча тыповых балотных экасістэм, а знішчэнне журавін значна змяншае кармавую базу для многіх відаў птушак.
Фактар неспакою. У апошнія гады рыбаловы і паляўнічыя пачалі ўсё часцей наведваць азёры. Гэта прыводзіць да разбурэння гнёздаў многіх відаў птушак, у тым ліку і занесеных у Чырвоную кнігу. Балота пачынае губляць сваю значнасць як месца канцэнтрацыі мігрыруючых гусей і жураўлёў. Адна з прычын такога становішча – зніжэнне ўзроўню грунтовых вод, што зрабіла балота больш даступным для чалавека вясной.
Нерэгламентаваны збор журавін прыводзіць да сур’ёзнага пашкоджання наглебавага покрыва і з’яўляецца яшчэ адным фактарам парушэння спакою жывёл.
Для вырашэння пералічаных экалагічных праблем неабходна зрабіць шэраг захадаў: